Microbiote

Le microbiote est constitué de l'ensemble des microorganismes (bactéries, microchampignons, protistes, virus) vivant dans un environnement spécifique chez un hôte (animal:zoobiote ; végétal:phytobiote ; aérien : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). L’ensemble des gènes d’un microbiote est appelé microbiome. Un individu et ses microbiotes est appelé un holobionte.

Par exemple, chez l’homme, les microbiotes sont intestinal, cutané, vaginal, placentaire et pré-natal. Chez les plantes, les microbiotes sont foliaire, racinaire, caulinaire.

Les microbiotes sont reconnus comme une partie essentielle du fonctionnement des êtres vivants. Chez l’homme, leur rôle et leur intégration dans le fonctionnement de nos organes y compris le cerveau, dans les maladies comme l’obésité, le diabète, la maladie de Parkinson, le cancer, les traitements contre le cancer est maintenant avéré.

Nous vous offrons un large panel d'analyse pour caractériser les microbiotes avec des approches métagénomique, métatranscriptomique, métaprotéomique, méta-métabolomique et bioinformatique.

Nous sommes très engagés dans l’étude du phénomène microbiote, dont des analyses du microbiome humain.

Nous proposons différentes approches, selon différents niveaux d’information, modulables selon l’étude. Les méthodes de métagénomique n’atteignent que les gènes qui sont quantifiés ou génèrent des profils taxonomiques complexes. La métaprotéomique permet d’atteindre les fonctions opérationnelles et donnent une vue profonde des effets et des mécanismes d’action.

Les échantillons analysables peuvent être des écouvillons, des fèces, des biopsies…

Nous offrons trois types d’études sur l’hôte, le microbiome seulement, et sur l’hôte et son microbiote simultanément.  

-       Suivi par PCR quantitatives de genres majeurs, par exemple Staphylococcus sp. (Firmicutes), Corynebacterium sp. (Actinobacteria), Propionibacterium sp. (Actinobacteria) . D’autres cibles sont possibles en fonction des effets espérés.

Le niveau de réponse : Il est du type «  le produit a un effet/n’a pas d’effet sur les genres testés »

Délais : Il faut compter environ  2 semaines pour 5 genres ou espèces, 5 échantillons comparés à 5 témoins (10 tests) (traités ensemble)

-       Etude métagénomique comparative du microbiome de la peau par NGSequencing 16S rDNA.

Le niveau de réponse : « un rapport qui indique si le produit modifie/ne modifie pas la composition semi-quantitative et la diversité du microbiome »

Délais : Il faut compter environ 2 mois pour 5 échantillons comparés à 5 témoins (traités ensemble).

-       Etude métaprotéomique comparative du microbiome et de la peau par quantification relative LC-MS/MS « shotgun proteomics » et analyse bioinformatique/ biostatistique

Le niveau de réponse : “ un rapport qui précise les effets du produit sur les fonctions et les interactions du microbiome et de la peau ”

Délais: Il faut compter environ 8 semaines pour 5 échantillons comparés à 5 témoins (traités ensemble) auquel il faut rajouter 5 semaines d’analyse bioinformatique incluant le microbiome (HolXplore).

Les études métagénomique et métaprotéomique peuvent être couplées pour une meilleure stratégie de ciblage de bases de données