Bioinformatique

Les méthodes non-ciblées d’omique génèrent des quantités imposantes de données qu’il faut traiter et interpréter. Nous avons compris que ce traitement de données, au-delà des méthodes biostatistiques et bioinformatiques que nous avons développées, se doit d’aller jusqu’à l’expression des phénomènes observés en terme de biologie.

Nous proposons l’analyse des protéomes ou transcriptomes eucaryotes avec le pipe-line CORAVALID et l’analyse du métaprotéome avec le pipe-line HolXplore

CORAVALID : Analyse complémentaire des données de quantification relative dans la comparaison de deux conditions en protéomique.

 

NIVEAU 1 : Analyse d'enrichissement

La version de base de CORAVALID est une analyse complémentaire des données, mettant en évidence les processus biologiques, fonctions moléculaires, composantes cellulaires et voies métaboliques et signalétiques liés aux protéines ou gènes significativement régulés dans une comparaison quantitative en protéomique haute résolution ou en génomique ("biochips").

Les associations sont validées par des tests statistiques et curation manuelle.

 

NIVEAU 2 : Synthèse et interprétation

La version standard du niveau 2 de CORAVALID fait la synthèse et l’interprétation de ces résultats et des informations associées à chaque protéine, pour mettre en évidence les phénomènes et mécanismes à l’½uvre distinguant les deux échantillons comparés. Cette synthèse permet de mettre en évidence les grandes fonctions biologiques impactées.

 

Réunion de contextualisation et/ou de suivi si souhaitée

 

NIVEAU 3 : Significations biologiques - Proposition de revendications

Une sélection des grandes fonctions biologiques impactées est réalisée afin de déterminer si elles sont positivement ou négativement régulées. Ce choix a lieu lors de la réunion de contextualisation et/ou de suivi. En absence de réunion, une sélection des grandes fonctions biologiques les plus impactées sera réalisée. L'analyse approfondie de cette sélection permettra de déterminer les significations biologiques des résultats obtenus (déterminer si les grandes fonctions biologiques impactées sont positivement ou négativement régulées et en déduire les conséquences associées), de déterminer des phénotypes, et de proposer des revendications (claims).

 

HolXplore : Analyse globale du protéome humain et du métaprotéome du microbiote associé.

 

HolXplore est une analyse complémentaire des données issues d’expériences de métaprotéomique, mettant en évidence les effets biologiques liés aux résultats :

 

NIVEAU 1  Analyses taxonomiques.

- Analyse de la diversité du microbiote associé aux 2 conditions testées.

- Évaluation d'un changement potentiel de la structure du microbiote à différents niveaux taxonomiques, validation par une analyse statistique.

- Dispersion des échantillons en fonction de la diversité de leur microbiote.

 

NIVEAU 2 Analyses fonctionnelles

Les analyses suivantes seront effectuées en parallèle pour les taxons 1) Bacteria, 2) Fungiet 3) Homo sapiens:

- Recherche des orthologues et des catégories fonctionnelles et processus généraux COG associés.

- Détermination des évolutions significatives potentielles à différents niveaux fonctionnels (termes, catégories fonctionnelles, processus généraux).

- Implication des orthologues de protéines dans les voies KEGG.

- Dispersion des échantillons en fonction du protéome bactérien, fongique ou humain.

 

NIVEAU 3 Corrélations / Revendications

- Dispersion des échantillons en fonction des protéomes bactériens, fongiques et humains.

- Calcul des coefficients de corrélation entre différentes fonctions.

- Calcul des coefficients de corrélation entre différentes fonctions et groupes taxonomiques.

- Implication d'orthologues de protéines bactériennes, fongiques et humaines dans les voies KEGG.

- Revendications / Effets biologiques possibles sur le prélèvement de l’hôte et ses microbiotes.